氮元素在水体中的存在形式主要有硝酸氮（ＮＯ３－）、亚硝酸氮（ＮＯ２－）、总氨氮（包括分子态ＮＨ３和离子态ＮＨ４＋）和氮气（Ｎ２）。这几种形式可以相互转化，在亚硝盐和硝酸盐的作用下，这个过程被称为硝化反应；反之，在反硝化菌作用下，亚硝酸盐和硝酸盐以被还原为氨氮，称为反硝化反应。一般认为，硝酸氮对水生生物是无毒的，氨氮、亚硝酸氮是有毒的、不稳定的中间产生，而氮气是稳定无毒 的，它不能被生物体直接利用，也不参与水体中的氮素转化过程。
由此可见，对水生生物有危害的是总氨氮（包括分子态ＮＨ３和离子态ＮＨ４＋），其中构成主要危害的是指分子态的氨氮（ＮＨ３）。水体中的ＮＨ３过高不仅阻止生物体内的氨向体外排出，还能从水中向其体内渗透，使水生生物代谢减少或停滞，损害包括鳃在内的一些重要器官，抑制其生长发育，甚至造成死亡。因此，在水产养殖过程中，控制水体中的氨氮含量就成为一项至关重要的工作，具体可采取以下措施:
一、彻底清池。每年养殖生产结束后，要将池底淤泥全部清除，进行曝晒。第2年放苗前，使用生石灰、漂白粉、高锰酸钾等氧化剂对池底彻底消毒。生石灰可改善池子底质，杀菌消毒，并使池水保持微碱性，有利于硝化作用的进行，是一种高效实用的消毒剂。
二、淤泥较深的池塘可种植一些大型水生植物，约占池塘面积的1/3，其根须可吸收淤泥中的有机物质。池塘中的浮游植物可充分利用水体中的氨氮。使其不能积累到有害浓度。
三、按营养需求合理配制饵料，控制饵料中蛋白质的含量和蛋白质中氨基酸的组分，防止过多营养流失避免发生富营养化。
四、在池塘中混养一些以有机碎屑为食的滤食性鱼类，可降低有机物的积累，减少氨氮的产生。
五、使用增氧机，促进水的流动，可以增加底层水的氧气，有利于硝化反应的进行。同时，氨氮由浓度较大的底层升到水面，可促进氨氮逸出。
六、池底有机质太多时，应使用高锰酸钾、过氧化钙、过氧化氢、次氯酸钠、生石灰、漂白粉等氧化剂。水中氨氮浓度太高，不能及时换水时，可在水体中添加沸石和麦饭石。
七、控制水体ＰＨ值。在相同水温下，ＰＨ值越高，总氨中分子氨占的百分比越大，对水生生物的危害也就越大，据研究，在水温25℃时，ＰＨ值为7.0时，分子氨占总氨的0.57％，ＰＨ值为9.0时，分子氨占总氨的36.0％。因此，控制ＰＨ值在合理范围内能够降低氨氮对生物的危害。
八、在工厂化养殖池中，可通过培养单胞藻、换水、倒池、池底吸污和曝气，控制氨氮的积累，用活性碳、沸石、麦饭石等吸收水中氨氮，或使用氧化剂直接消除氨氮和有机物质。
