根据我国中药材生产质量管理规范（简称GAP）的要求，防治中药材病、虫、鼠害，应本着“防治并举，以防为主”的原则。宜用农业、生物、物理与机械防治，少施或不施化学农药的综合防治措施。需用农药时，应采用低毒、高效、残留期短的农药或土农药，以免对商品中药材的污染。严禁使用《中药材基地生产中禁止使用的化学农药》，严防有害物质对药材与环境的污染。防治的目的是保护中药材的正常发育，增强中药材的抵抗能力，促进生态平衡。
中药材病虫害防治如果要使用农药应该遵循以下几条原则：
（1）严格禁止使用剧毒、高毒、高残留或有致癌、致畸、致突变的农药。
（2）推广使用对人、畜无毒害，对环境无污染，对产品无残留的植物源农药、微生物农药及仿生合成农药。
（3）杀毒剂提倡交替用药，每种药剂喷施2-3次后，应改用另一种药剂，以免病毒菌产生抗药性。
（4）按中药材种植常用农药安全间隔期喷药，施药期间不能采挖商品药材，比如50%多菌灵安全间隔期7-10天；70%甲基托布津安全间隔期10天；50%的辛硫磷安全间隔期10天。
（5）提倡用敌鼠钠盐灭鼠，严禁使用氟乙酰胺、氟乙酸钠等剧毒药物灭鼠。
（6）严禁使用化学除草剂防除中药材种植区的杂草，以免造成药害和污染环境。
