用棕色瓶子装着的农药一般需要避光保存。需避光保存的农药，若长期见光暴晒，就会引起农药分解变质和失效。例如乳剂农药经日晒后，乳化性能变差，药效降低，所以在保管时须避免光照日晒。微生物活性制剂受强光照射，活性菌就会失去活性。
存放农药的地方，温度应不超过25℃，更要注意远离火源，以防药剂分解，微生物源农药保存需要格外引起重视。低温要注意防冻，温度保持在1℃以上，防冻的常用办法是用碎柴草、糠壳或不用的棉被覆盖保温。
挥发性强的农药要注意密封，避免挥发降低药效，污染环境，危害人体健康。对已失效或剩余的少量农药不可在田间地头随地乱倒，更不能倒入池塘、小溪、河流或水井，也不能随意加大浓度后使用，应采取深埋处理，避免污染环境。