黑木耳菌种质量鉴别：选择黑木耳菌种要求耳片形状和筋脉有无，这是选择黑木耳品种的主要性状，而且无法观察到，只能通过销售商的推荐和承诺，如果选择无筋品种而出现少量筋脉也是正常的，因为无筋品种在高温、开大口的情况下会长出筋脉，但无筋品种如果长出许多筋脉说明菌种质量性状有问题；黑木耳菌种纯度，要求黑木耳菌种不能带有杂菌，如果肉眼观察到菌种袋破损或菌种袋外有不同颜色或颜色不均匀，说明菌种已污染杂菌，菌种不纯，属不合格菌种，可要求退换。
木屑质量鉴别：木屑必须是阔叶树木屑，不能含有针叶树木屑，含有针叶树木屑用鼻嗅能闻到松香的味道。不使用加工地板的刨花和木屑，因为地板在加工过程中使用工业胶黏剂，影响黑木耳菌丝生长。
麦麸或米糠质量鉴别：麦麸或米糠要求新鲜、干燥，无霉变，不结块。麦麸或米糠如果是陈的，颜色变深，或结块，并且有霉味，使用陈麦麸或米糠生产黑木耳菌包发生霉菌污染严重；麦麸或米糠是大片、带皮的，不能掺杂其他杂质。如果麦麸或米糠全是粉末状的即掺入了稻壳粉。
石灰和石膏质量鉴别：石膏是粉状的，不能结块，结块的石膏不能使用。石灰是指熟石灰，也是粉状的，其成分是氢氧化钙和碳酸钙，栽培黑木耳要选择建筑用的白云灰，不能选用生石灰，如果是生石灰，需要加水进行熟化，加工成熟石灰后再使用。
