收获的时候需要采摘成熟猪肚菇，即猪肚菇漏斗形，有平坦边缘。采摘时轻轻拉出，猪肚菇的根部去泥，然后清洗猪肚菇体，如果需要的话，还可以在收获后，清洁猪肚菇床的表面并填满新土。为了避免引起茎腐病和虫害，将猪肚菇的土壤留些在菇柄部。
