综合养鱼系统里的饲养管理比单纯养鱼广泛得多，通常包括三个方面工作:
（1）渔、农、牧协调发展计划管理计划鱼产量确定以后，就要制订鱼种和放养计划；饲料、肥料生产计划，确定饲料种植面积和畜、禽饲养量，协调农、牧等专业同渔业之间的发展比例关系。养鱼所需肥料总量，包括猪、羊、牛、鸡、鸭等所产生的废弃物以及种植的绿肥；所需饵料总量，包括青饲料的种植、“三水”、黄豆、大麦等谷物的种植、豆制品和酿酒的副产品及渣滓，继而可根据综合经营过程中所获得的各种原料研制配合颗粒饲料。从各方面保证养鱼生产过程中所需饵料、肥料的充足供应。
（2）鱼池日常管理从清塘、放养、施肥、投饵直到养成起捕，所有技术措施及一切物质条件都必须通过对鱼池精心管理才能最后体现到鱼产量上去。根据无锡郊区长期养鱼经验的积累，王武等（1985）把鱼池饲养管理总结为“三早、四看、五防、六勤”，具体讲就是边挖取塘泥，边清塘修池，边种植青饲料，边施好基肥，边加注新水，边放养鱼种，边准备饲料、肥料，边施足鱼池基肥。“三早”就是早清塘、早放养、早开食。“四看”是看鱼、看水色、看天气、看季节，机动灵活地掌握施肥、投饵种类、数量和方法。“五防”，防病、防浮头、防汛、防盗、防毒。“六勤”，勤巡塘，正常情况下坚持早、中、晚3次巡塘，发现水质变化等异常现象，可立即采取有效措施；勤检查；勤搞鱼池清塘卫生，把吃剩的草渣等及时地捞掉；勤记录，凡投入鱼池鱼种、饵料、肥料、药物等用量以及发现的问题都应做好详细记录；勤研究情况，研究所出现的问题及其对策并经常考虑增产措施；对各种渔具等设备的勤维修和保养，延长寿命。
（3）其他专业日常管理包括青饲料等田间管理以及畜、禽饲养等的日常管理工作。这些将在不同生产模式里具体介绍。
