1、从流行病学上鉴别诊断
(一)猪球虫病
本病主要发生于小猪，且多发于7～11日龄的乳猪，但是断奶仔猪也会发生，成年猪为带虫者。各种研究表明哺乳仔猪并不是摄入母猪粪便中的球虫卵囊而感染，目前还不知道等孢球虫是如何在猪场中传染。由于球虫卵囊发育需要较高的温度，因此本病多发于春末和高温潮湿的夏季，特别天气炎热时，母猪戏水把产床弄湿后容易引起哺乳仔猪发生该病。大多数情况下哺乳仔猪发病无季节性。
(二)仔猪黄痢
主要在生后数小时至5日龄以内仔猪发病，以1-3日龄最为多见，一周以上的仔猪很少发病，育肥猪、肥猪、成年公母猪不见发病。以第一胎母猪所产仔猪发病率最高，死亡率也高，可高达100。环境卫生不好的，可能多发；环境卫生良好的也常有发生。因此，有人认为，母猪携带致病性大肠杆菌是发生本病的重要因素。
2、从临床症状上鉴别诊断
(一)猪球虫病
本病的临床症状多出现在7～11日龄的健康乳猪中，有报道说猪等孢球虫引起了5～6周龄断奶仔猪的腹泻，腹泻出现在断奶后4～7天时，发病率很高(80～90)，但死亡率都极低。腹泻是本病主要的临床症状，粪便呈黄色到灰色。开始时粪便松软沿肛门下流或呈糊状，随着病情加重粪便呈液状。仔猪粘满液状粪便，使其看起来很潮湿，并且会发出fb乳汁样的酸臭味。一般情况下，仔猪会继续吃奶，但被毛粗乱，脱水，消瘦，增重缓慢。不同窝的仔猪症状的严重程度往往不同，即使同窝仔猪不同个体受影响的程度也不尽相同。本病发病率通常很高，但死亡率一般较低。
(二)仔猪黄痢
临床症状最急性的，看不到明显症状，于生后10多小时突然死亡，呈急性败血症死亡。生后2-3天以上发病的仔猪，病程稍长，排黄色或黄白色稀粪，有特殊的腥臭味，含有凝乳小片，肛门松弛，捕捉时从肛六冒出稀粪。病猪精神不振，不吃奶，很快消瘦、脱水，最后衰竭而死。
3、从病理变化上鉴别
(一)猪球虫病
仔猪球虫病特征性大体病变是空肠和回肠粘膜出现纤维素性坏死，肠绒毛萎缩和脱落，但只有在严重感染的仔猪中出现。
(二)仔猪黄痢
主要病变为急性肠炎和败血症。颈部、腹部皮下常有水肿，肠内有多量黄色液状内容物和气体，肠粘膜有急性卡他性炎症，肠腔扩张，肠壁很薄，肠粘膜呈红色，病变以十二指肠黏膜病变最为严重，空肠和回肠次之，结肠较轻。肠系膜淋巴结有弥漫性小出血点。肝呈紫红色和红黄相间纹样色调。肾色淡，表面有数量不等针尖大的出血点。心脏扩张，心房、心室充满凝血块，心冠部有少量出血点，肺明显水肿。猪e网网友介绍，外观尸体严重脱水，干瘦，黏膜苍白发绀，肛门及腹部周围有黄白色稀粪污染。
总的来说，要注意一些猪球虫病和仔猪黄痢的鉴别诊断要点：
球虫病使猪感染发病的日龄是7～15日龄之间，5日龄前一般不会发病，大多数在2周后拉稀现象消失，而仔猪黄痢主要使出生7日龄内的仔猪感染发病；球虫病用抗菌药无效，而仔猪黄痢应用抗菌药有效；猪球虫病死亡率低，而仔猪黄痢死亡率很高；球虫病用抗菌药无效，而仔猪黄痢应用抗菌药有效；球虫病一旦出现一窝猪发病，等下一窝猪到7日龄马上也发病，接下来整栋圈的哺乳仔猪一到7日龄很难幸免不发病，而仔猪黄痢出现整栋圈发病较少见。
