一年中不同时期都会有不同藻类成为优势种群，这和水温光照、盐度、酸碱度及水体中的营养成份相关，有些藻类，像甲藻、小三毛金藻等多发于水体偏廋的水体；而蓝藻门的微囊藻、鱼腥藻、色球藻等，则多发于水体富营养化的水体，而且这些藻类有个特点，那就是喜高温，温度越高，生长越是旺盛。所以好多时候，不能单凭水体的颜色就确诊是某种藻类，要做到更加准确的诊断，可结实一些生产中总结出来的实践经验来判断。
微囊藻
首先，水产上遇到问题最多的就是蓝藻。有些时候蓝藻泛烂起来，在水面形成厚厚的一层，严重阻碍其他藻类的光合作用，时常引发缺氧、泛塘死鱼的事故。所以说起蓝藻，很多人又怕又恨，杀又不敢杀，不杀又担心倒藻泛塘。
像上面的这种情况，水面大量富集藻类，用一般杀藻的药物，苔草净、蒲藻净肯定是不能用的，这些杀藻药，会短期内把水体里所有的藻类都杀死，就会把养殖水体百分九十的氧气来源断掉了，藻类死亡后分解又会消耗氧气，姑且还不去考虑藻类死亡后所产生的毒素，就足所以让鱼缺氧泛塘。
那么处理起蓝藻，当然还是被养殖户称作杀藻神器的蓝藻蛋白分解精，杀藻是一个缓慢分解的过程，一般在两到三天杀灭蓝藻。蓝藻蛋白分解精对百分之九十五以上的蓝藻有效的，但有极个别的说，去年用了好，今年好像效果又没那么好了呢。这里的问题不出在产品质量上，而是出在藻类优势种群的结构上发生了变化。像绝大多数的蓝藻都是以色球藻、微囊藻、蓝纤维藻、平列藻为优势种群，那用蓝藻蛋白分解精一罐按10-15亩用，水深一米用15亩，超过一米用10亩，两至三天就可以达到杀灭蓝藻的效果。
但有极个别的情况是，那就是藻类具有粘附性，用手一捞，像油漆一像的附着在表面，这时蓝藻的优势种群是鱼腥藻、颤藻、念珠藻、蓝纤维藻。此时则用蓝藻蛋白分解精二型。一罐按8亩用，只算水面。一般两到三天可达到杀灭的效果。
颤藻
还有就是进入秋天后，很多地方，水面泛起了像铁锈一样的水色，或是黄色，或是红色，或是特别肥的老绿水，在下风口都有腥味。像这样的水体里，大多数时候轮虫较多。有些时候，还可以发现在下风口的藻类形成厚厚的一层水华，当用手触碰，水华会慢慢的下沉。出现这样的现象，就可以判定是以裸藻为主，因为裸藻具有鞭毛，可以运动。还有一种情况就是藻类会在水面形成气泡，那这种情况下也可判定裸甲藻为主，也是可以用红水一泼灵的，一袋按2-3亩每米使用，有无鳞鱼时，用量适当减少。
过肥的水体，老绿水
甲藻、裸藻水华
（显微镜下的裸藻，有一红色眼点，也叫眼虫，介于植物和动物之间，据说是人类和植物共同的祖先，在地球上生存了好几亿年了）
除了藻类，有些时候，培育鱼苗时遇到的菁苔以及浮藻，也是让很多人头痛的问题。这些问题处理起来，相对就简单多了。菁苔的处理就是用灭苔草安，一瓶用1.2-1.5亩水面。而浮萍则可以用浮萍一喷灵，两瓶加一箱水，用打农药的喷雾器喷，打到那，浮萍就能杀到那，一瓶可以用一亩水面。虾蟹可用，只是对鳜鱼不能用，其他鱼都可以，且不伤藕。
