常用的菌主要有：光合细菌,芽孢,EM,乳酸菌,酵母菌,硝化细菌,蛭弧菌。
先说光合细菌
光合细菌简称PSB，是国内最早用于水产养殖的细菌制剂。光合细菌是一些能利用光能进行不产氧的光合作用的细菌。很多朋友看到光合，就会跟叶绿素的光合作用比较。光合细菌是不产氧的，光合细菌在自身繁殖过程中能利用小分子有机物做碳源、供氢体，利用水环境溶解氮(如铵、硝酸盐、亚硝酸盐等)做氮源合成有机氮化物,因此可消耗水中的小分子有机物、铵、硝酸盐、亚硝酸盐,起净化水质的作用。
光合细菌是分解小分子的，所以用红糖激活是没作用的，红糖是大分子。
有些人遇到亚硝酸盐高，用光合细菌有效果，也是这个原理。
但是光合细菌不能利用水环境中的一些大分子有机物,水体中的大分子有机物(如蛋白质、脂肪、糖)必须先由其它微生物(如枯草杆菌、芽孢杆菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌、硫化菌等)分解成小分子有机物(如氨基酸、低级脂肪酸、小分子糖等)后才能被光合细菌分解利用,因此在利用光合细菌净化水质时应配合使用其它有益菌。
我们日常用菌，最好几种配合使用，事半功倍。
光合菌改良水体的过程通常是在光合作用下完成。一般情况下光合菌对水体中可见光或光能见度较高的水体表层（30–50cm）水质具有较好改良效果，而对水体中光能见度较底的较深或深水层以及难见光的池底部分，由于光合作用进行困难或难于进行，因此难于产生良好的改良效果。
接下来讲芽孢杆菌
芽孢是一大类细菌，我们日常用得最多是枯草芽孢。芽孢杆菌属于革兰氏阳性菌，好氧，能产生孢子，是一类具有高活性的消化酶系、耐高温、抗应激性的异养菌。
芽孢杆菌可以降低水体中硝酸盐、亚硝酸盐的含量，从而起到改善水质的作用。枯草芽孢杆菌在代谢过程中还产生一种具有抑制或杀死它种微生物的枯草杆菌素，从而来改善水质。
芽孢生长繁殖过程中耗氧，这个问题估计很多人碰到过。所以在使用时注意增氧。
成品中的芽孢杆菌处于休眠状态，需要活化（加红糖等有机物）。
芽孢杆菌在繁殖过程中分泌大量的淀粉酶、蛋白酶和脂肪酶,能迅速降解鱼虾残留饵料和排泄物，在池内其他微生物的共同作用下,大部分进一步分解为水和二氧化碳,小部分成为新细胞合成的物质,从而净化水体。
有人遇到亚硝高，说用芽孢，也有效果。也是如此。
到底光合细菌，芽孢细菌还是硝化细菌降亚硝好呢？
我建议平常就需要预防，几种菌配合使用。
接下来讲硝化细菌
硝化细菌是一类化能自养型细菌，利用氨或亚硝酸盐为主要生存能源，以二氧化碳作为主要碳源的一类细菌，有亚硝化细菌和硝化细菌两类生理亚群组成。亚硝酸细菌完成NH4+到NO2－的转化；而硝化细菌完成NO2－到NO3－的转化，从而使对水生动物有毒的氨态氮和亚硝酸盐转化为对水生动物无毒的硝酸盐。
硝化作用是一种氧化作用，在溶氧充足的条件下效率最高。
很多人用过硝化细菌，觉得效果不如预期。为啥？一就是溶解氧，硝化细菌需要溶氧足；二是硝化细菌的繁殖很慢。有多慢呢？我查过资料，硝化细菌20小时才繁殖一代。所以当你亚硝酸盐高时，才想到硝化细菌，那基本没用了，硝化细菌用在防上面好。我的朋友他们清完塘后，从小苗开始就定期泼硝化细菌。
亚硝酸盐超标的问题是很多人碰到的，预防为主，特别是中后期，随着饲料的增加，粪便的增加，水里已经分解不了了，就开始爆发了。控料是从源头抓，菌的使用也很关键。
光合细菌对亚硝酸盐转化低效率和芽孢杆菌对氨氮转化低。
硝化细菌还有一个特点，它需要附着，它跟别的菌不同，所以有的地方有发展生物载体。亚硝酸细菌完成NH4+到NO2－的转化；而硝化细菌完成NO2－到NO3－的转化，从而使对水生动物有毒的氨态氮和亚硝酸盐转化为对水生动物无毒的硝酸盐。
有机物过多，PH值低，溶氧低（2mg/L以下），温度低等都将抑制硝化细菌在水体中的浓度。
接下来讲酵母菌
酵母菌与细菌不同，它具有真正的细胞核，属于单细胞真菌类微生物。
预防可以，治的话，非常你下非常多。酵母菌在有氧和无氧的环境中都能生长，即酵母菌是兼性厌氧菌，在缺氧的情况下，酵母菌把糖分解成酒精和水。在有氧的情况下，它把糖分解成二氧化碳和水，在有氧存在时，酵母菌生长较快。
酵母菌添加到食物当中能黏附在肠道中,刺激鱼虾体内淀粉酶和刷状缘膜酶的分泌,从而提高动物对食物的利用率。
酵母菌是喜生长于偏酸性环境中的需氧菌，可以在消化道内大量繁殖。酵母菌的大量繁殖和生长，使其在与有害菌生存竞争中成为优势种群，抑制了有害菌的生长。好东西，但得会使用。
接下来讲蛭弧菌
很多人一听蛭弧菌，就觉得是杀弧菌的。蛭弧菌是一种寄生于细菌的细菌，能以自身的吸附器附于寄主菌的细胞壁上，并迅速地钻入寄主细胞内，利用寄主的营养生长、繁殖，最后导致寄主菌裂解。
蛭弧菌就像一个杀手，它会杀菌。蛭弧菌对寄主有选择性，它专以弧菌、假单胞菌、气单胞菌、爱德华氏菌等革兰氏阴性菌为寄主。自然界中的有害菌有害藻其实杀不完的，我们要的就是让有益菌有益藻占优势。
接下来讲EM菌
EM相信很多人用很多，EM为有效微生物群的英文缩写，它是由光合细菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌、丝状菌等五大类菌群中80余种有益菌种复合培养而成。
理论如此，但估计实际上不同厂家配方有所不同。
EM菌渗入水体后，能抑制病原微生物和有害物质，促进浮游生物的大量繁殖和提高水中溶氧量，保持养殖水体的生态平衡，净化养殖池塘中的排泄物和残饵，改善水质和底质，从而减少疾病。
接下来讲乳酸菌
如果各位不嫌麻烦的话，经常拌乳酸菌必有奇效，形成肠道保护层，阻止病原菌,病毒的侵袭，刺激肠道分泌抗体，提高肠道免疫力，促进胃液分泌，增强消化功能。
微生物水质调节剂与抗生素及消毒剂混合使用：养殖户在使用微生物水质调节剂改善水质的同时，处于对养殖动物疾病的恐惧，习惯于使用抗生素进行预防，在水体、饵料中长期加用一种或是多种抗生素，以期杀灭病原体，减少发病，以为这样双管齐下，可保万无一失。殊不知抗生素在杀灭病菌的同时也将活菌组成的微生物制剂破坏。
