现如今，生物制剂等一系列活菌制剂已在我市的水产养殖中大量使用，特别是在南美白对虾的养殖生产中。事实证明微生物制剂具有很好的改良水体，保证生产无公害，防止病害发生的有效作用。但是由于生物制剂具有生物学特性，因此在使用中应更加注意其使用的有效性。
1、活菌制剂是以益生菌落为主的高浓度微生物种群，一般在出厂前都经过了一定时期的培养，在出厂时经过了休眠处理。因此，在使用前根据菌落特性，采用合理的活化手段是十分必要的。一般要求活化时间为48小时以上，以期达到扩大活菌群落，事半功倍的效果。同时，使用生物制剂必须注意标注的有效数量与保质期。
2、不能替代增氧，硝化菌群中有的为兼性厌氧，有的为好氧，它本身不能增氧，不能代替增氧剂。但由于硝化菌群的作用，能吸收水中氨氮和硝基氮，因而减少了水体对氧气的消耗。
3、在活菌制剂中，不同种细菌的作用范围不同，因而单种细菌往往作用范围太局限，建议针对水体情况选用复合型制剂，或根据不同制剂的适用范围配合使用。
4、活菌制剂与抗生素、消毒剂的关系：在养殖过程中，改善水环境可以提高养殖对象的抗病能力，抑制有害致病体的生长，减少疾病发生，但活菌制剂不是药，不能治病；活菌制剂也不能与抗生素、杀菌剂同时使用。
5、投放活菌制剂是为了提高水体有益微生物的浓度，创造适宜的生态环境，因而投放活菌种类、数量多少与水体的温度、溶氧、有机物含量、底质状况有关。不同的养殖品种、不同的养殖方式，都会影响其对水体调控效果，因而要科学使用。
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