随着水产养殖业的规模不断扩大，高密度的养殖模式和养殖品种单一等现状导致养殖生态环境失调，各种病害频发。同时，长期、大量使用抗生素等化学药物不仅使部分病原菌产生了抗药性，还破坏了水产动物消化道内正常菌群生态环境，使其产生免疫抑制作用。而抗生素在水产动物体内的积累对人类健康也是一种潜在威胁。因此，水产养殖业必须走可持续发展道路。
微生态制剂是从天然环境中筛选出来的有益微生物菌种，经过培养后制成的活菌菌剂。广义上的微生态菌剂应包括细菌、真菌、藻类及其代谢产物在内，可改善动物肠道环境和水体环境的微生态平衡，增强动物的免疫防御能力，抑制病原菌生长的生物制剂。目前国际上已将微生态制剂分成3个类型，即益生菌、益生元和合生素。我国农业部第318号公告《饲料添加剂品种目录》中公布了15种允许使用的微生物：地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、两歧双歧杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、乳酸肠球菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、乳酸乳杆菌、植物乳杆菌、乳酸片球、戊糖片球菌、产朊假丝酵母、酿酒酵母和沼泽红假单胞菌。下面介绍几种水产养殖中常见几个种类：
1、光合细菌
光合细菌（Photosyntheticbacteria）是一群生理上不同的细菌，主要是水生细菌，其细胞呈球状、杆状、弧状或者螺旋状.所有光合细菌均含有菌叶绿素和类胡萝卜素。光合细菌含有高达60%的蛋白质，营养丰富，同时含有辅酶Q、维生素B、叶酸等能够提高养殖动物免疫力，促进生长，提高经济效益。同时光合细菌具有改善水质的作用，使用光合细菌的水体溶解氧升高，氨氮浓度下降，水色黄绿，生产力随之增加。
2、芽孢杆菌
芽孢杆菌为革兰氏阳性菌，菌体杆状，多数运动，产芽孢，其中有几个种能产肽类抗生素。芽孢杆菌的这些特点决定了其可以作为益生菌被人类所利用。在水产养殖中使用芽孢杆菌，能有效降低氮和磷的浓度，增加溶氧，提高产量，使养殖业获得了良好经济和环境效益。
3、硝化细菌
硝化细菌是化能自养菌，细胞形态多样，无芽孢，革兰氏阴性菌。硝化细菌可以氧化氨氮和亚硝酸盐为硝酸盐，形成可以被吸收的营养物质，从而降低水体的暗淡和亚硝酸盐的含量，为养殖动物营造健康的养殖环境。据研究投入硝化细菌浓度为100cfu/L的罗非鱼养殖池塘，其氨氮亚硝酸盐均有所降低，水质得到改善，鱼体体重有所增加。
4、酵母菌
酵母菌含有丰富的蛋白质和维生素，已经被水产水产饲料用作为优良的添加剂。酵母菌中的有些种类也具有降低水体氨氮，净化水质的功能，如假丝酵母菌。
5、低聚糖
低聚糖是一类寡糖.。是水产养殖中常用益生元的一种。其中，功能性低聚糖不能被宿主直接吸收，但可特异性地增殖优势种群微生物，如双歧杆菌、乳酸菌等，同时也可抑制有害菌，提高机体免疫能力。据日本报道，实验研究已证明双歧杆菌活菌制剂中加入低聚糖后，其效果比对照提高10～100倍。
6、抗菌肽
抗菌肽，顾名思义，具有抗菌活性的多肽，具有广谱杀菌作用，在水产养殖上具有较大的应用潜力。据研究，在饲料中添加抗菌蛋白后，南美对虾的生长速度、增重率、成活率和抗病力均有所提高。
